Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ Hàng hải Đồng Nai gồm có:
A. Các bộ phận chuyên môn nghiệp vụ:
a) Phòng Tổ chức - Hành chính;
b) Phòng Tài chính - Kế toán;
c) Phòng Quản lý kết cấu hạ tầng;
d) Phòng An toàn - An ninh hàng hải.
B. Các Đại diện Cảng vụ Hàng hải:
a) Đại diện Phước Thái;
b) Đại diện Nhơn Trạch.