Cơ cấu tổ chức của Cảng vụ Hàng hải Đồng Nai gồm có:

A. Các bộ phận chuyên môn nghiệp vụ:

a) Phòng Tổ chức - Hành chính;

b) Phòng Tài chính - Kế toán;

c) Phòng Pháp chế hàng hải;

d) Phòng Thanh tra – An toàn, an ninh hàng hải.

B. Các Đại diện Cảng vụ Hàng hải:

a) Đại diện Cảng vụ Hàng hải Đồng Nai tại Phước Thái;

b) Đại diện Cảng vụ Hàng hải Đồng Nai tại Nhơn Trạch.